Im Jahr 1987 gründeten Fachleute des Conservation Data Center (CDC) und des Nationalmuseums für Naturgeschichte Paraguays (MNHNP), beide damals Abteilungen des Ministeriums für Landwirtschaft und Viehzucht (MAG), zusammen mit ausländischen Wissenschaftlern die Organisation The Nature Conservancy (TNC), eine Naturschutzorganisation in den Vereinigten Staaten von Amerika, und der Missouri Botanical Garden (USA) führten eine Reihe von Feldstudien in dem Wald durch, den sie „Mbaracayú“ (zu Ehren des Gebirges) nannten. In der oben genannten Studie ermittelten sie die biologische Bedeutung des Gebiets und die Notwendigkeit, das Grundstück in ein geschütztes Wildnisgebiet umzuwandeln. Es wurde ein Dokument mit dem Titel „Technische Begründung für die Eingliederung von 60.000 Hektar Land im Departement Canindeyú in das System der verwalteten Gebiete Paraguays“ erstellt (unveröffentlicht). Im selben Jahr stellte der damalige Direktor des Conservation Data Center, Ing. Raul Gauto, dem TNC während der TNC-Jahrestagung in Snowbird, Utah, die Idee des Mbaracayú-Reservats als Chance für die Erhaltung natürlicher Ressourcen vor Paraguay. Die lateinamerikanische Abteilung des TNC beschloss auf Ersuchen des Gouverneursrats, Maßnahmen zur Erhaltung dieses Gebiets zu entwickeln, und ernannte Herrn Alan Randall, um mit Raul Gauto an dieser Aufgabe zu arbeiten. Im darauffolgenden Jahr, im Januar 1988, wurde die Satzung der Moisés Bertoni Foundation for Nature Conservation (FMB) unterzeichnet, die mit dem Ziel gegründet wurde, zur Erhaltung und nachhaltigen Entwicklung der natürlichen Ressourcen des Landes beizutragen, darunter auch Mbaracayú und andere wichtige Ökosysteme Reserven wurden lokalisiert. Die erste Versammlung der Organisation wählte Raul Gauto zum geschäftsführenden Direktor des FMB, der diese Position bis 1998 innehatte, dann übernahm Ingenieurin Nancy Cardozo die Position, die bis 2006 im Amt war, und von da an ist Lic. Yan Speranza die Leitung institutioneller Direktor.