Em 1987, profissionais do Centro de Dados de Conservação (CDC) e do Museu Nacional de História Natural do Paraguai (MNHNP), ambos então departamentos do Ministério da Agricultura e Pecuária (MAG), juntamente com cientistas estrangeiros, a organização The The Nature Conservancy (TNC), uma organização conservacionista dos Estados Unidos da América, e o Jardim Botânico do Missouri (EUA), realizaram uma série de estudos de campo na floresta que batizaram de “Mbaracayú” (em homenagem à cordilheira). No referido estudo, determinaram a importância biológica da área e a necessidade de conversão da propriedade em área silvestre protegida. Foi elaborado um documento denominado “Justificativa Técnica para a incorporação de 60.000 hectares de terras do Departamento de Canindeyú ao Sistema de Áreas Manejadas do Paraguai” (inédito). Nesse mesmo ano, durante a Reunião Anual do TNC em Snowbird, Utah, o então diretor do Conservation Data Center, Eng. Raul Gauto, apresentou ao TNC a ideia da Reserva Mbaracayú como uma oportunidade para a conservação dos recursos naturais em Paraguai. A Divisão Latino-Americana do TNC decidiu desenvolver ações, a pedido do Conselho de Governadores, para a conservação daquela área, e nomeou o Sr. Alan Randall para trabalhar com Raul Gauto nessa tarefa. No ano seguinte, em janeiro de 1988, foi assinada a Constituição da Fundação Moisés Bertoni para a Conservação da Natureza (FMB), criada com o objetivo de contribuir para a conservação e o desenvolvimento sustentável dos recursos naturais do país, incluindo onde se encontra Mbaracayú e outros importantes ecossistemas e as reservas foram localizadas. A primeira assembleia da entidade elegeu Raul Gauto para ocupar o cargo de diretor executivo da FMB, que ocupou o cargo até 1998, quando assumiu a engenheira Nancy Cardozo, que ocupou o cargo até 2006, e a partir de então o Lic. Yan Speranza é o diretor institucional.